Secondo la leggenda, il nome Puerto Princesa proviene da una fanciulla, probablimente una principessa, che, si diceva, vagasse, in certe notti dell’anno, attorno ai luoghi su cui è poi sorta la città.
I più realistici invece attribuiscono il nome ai vantaggi geografici del luogo, essendo un porto naturalmente protetto durante tutto l’anno, con acque dotate di una profondità tale da consentire l’approdo di navi di ogni dimensione. “La principessa di tutti i porti”, come indicato dai colonizzatori spagnoli sulle mappe del paese.

Storicamente, il luogo è stato chiamato così in onore della Principessa Eulalia di Spagna, nata nel 1864 dalla Regina Elisabetta II e da Francisco de Asis.  Dopo la morte improvvisa della principessa, la Regina ha battezzato la città con il nome di “Puerto de la Princesa”. Col tempo poi il nome è stato ridotto in Puerto Princesa.

I colonizzatori spagnoli fondarono l’insediamento il 4 Marzo 1872, durante la loro esplorazione della provincia. Mentre esaminavano il litorale dell’isola di Palawan alla ricerca di un sito per fondare la capitale, si imbatterono in una collina con una ripida pendenza. Dopo aver remato fino a riva, esaminarono la collina e scoprirono un vasto altopiano che valutarono come ideale per l’insediamento.

Poco dopo, Padre Antonio Muro livellò una parte della collina per creare lo spazio per una cappella. Questa zona è oggi occupata dalla Cattedrale Cattolica, dalle P.C. Barracks e dal Rizal Park. Una volta qui c’erano anche il vecchio palazzo municipale e una scuola elementare.
La prima messa celebrata a Puerto Princesa ebbe luogo qui, e oggi c’è un segnale ad indicarlo.

Nel Maggio 1872 il porto divenne il centro delle operazioni navali spagnole nell’area, perché i pochi nativi erano pacifici e la baia era adatta ai requisiti della marina. Un decreto reale fornì incentivi ai colonizzatori, e grazie a questo già nel 1883 l’insediamento prosperò fino a diventare una città con 12 strade, un ospedale, e un porto ben costruito.

Nel 1894, Puerto Princesa fu riconosciuta dalle autorità governative come una delle più belle città del paese, in virtù della distribuzione ordinata delle strade, dei palazzi e delle case e della pulizia della comunità.

Nel 1911 la nuova amministrazione americana fece di Puerto Princesa la sede del Governo Provinciale di Palawan, con Major John Brown come Governatore.

Sin dalla sua fondazione, Puerto Princesa è stato il centro nevralgico delle attività di Palawan. Oltre ad essere la sede degli uffici della pubblica amministrazione, è anche il cuore del commercio, dei servizi e dell’industria della provincia.

Oggi la città ha ottenuto il riconoscimento di città modello per pulizia, protezione e conservazione ambientale e amministrazione locale in generale.